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PubMed 教学要求教学要求 了解了解PubMed数据库的基本概况数据库的基本概况 熟悉熟悉PubMed的检索界面的检索界面 掌握掌握PubMed的基本检索方法的基本检索方法 PubMed 美国国立医学图书馆国家生物技术美国国立医学图书馆国家生物技术信息中心开发信息中心开发 特点:特点:1.1.免费提供题录和文摘免费提供题录和文摘 2.2.可与提供原文的网址链接可与提供原文的网址链接 (部分免费获取)部分免费获取)3.3.提供检索词自动转换匹配提供检索词自动转换匹配 4.4.操作简便、快捷操作简便、快捷 数据收录范围 OldMEDLINE:1966年以前的文献 MEDLINE:1966至今,收录世界上70多个国家和地区的4500多种生物医学期刊,数据每周更新。indexed for MEDLIEN PreMEDLINE:提供MEDLINE尚未经规范处理的数据,经标引后再加入MEDLINE。记录中有in process的标记,日更新。Publisher Supplied Citations:出版商直接向PubMed提供电子记录,包括MEDLINE未收录的部分记录,时时更新。PubMed主页 基本检索输入框基本检索输入框 特征栏提供辅特征栏提供辅助检索功能助检索功能 侧栏提供其他检索侧栏提供其他检索如期刊数据库检索、如期刊数据库检索、规范词数据库检索、规范词数据库检索、特定文献检索特定文献检索 执行检索执行检索 PubMed检索方法 1.1.基本检索:在基本检索界面下基本检索:在基本检索界面下完成的检索方法。完成的检索方法。2.2.高级检索:在特征栏和左侧栏高级检索:在特征栏和左侧栏的辅助下进行的检索方法。的辅助下进行的检索方法。在检索栏中输入:一个或多个检索词一个或多个检索词(系统默认空格为系统默认空格为ANDAND检索检索)如如:hepatitishepatitis virusvirus 著者姓名著者姓名,姓在前姓在前,名在后名在后,如如:smithsmith abab 刊名刊名,可输全称或可输全称或MEDLINEMEDLINE认可的标准缩写认可的标准缩写形式如形式如:clinclin expexp immunolimmunol 布尔逻辑运算式布尔逻辑运算式(运算符须大写运算符须大写)如如:stemtistemti ANDAND neuroscienceneuroscience PubMed PubMed 基本检索规则基本检索规则 多个检索词输入:多个检索词输入:Moore AM撰写的有关接撰写的有关接触性皮炎的文章触性皮炎的文章 刊名的输入刊名的输入(字段限定来源出处(字段限定来源出处SO)著者检索著者检索 检索式输入 仅检索有文摘的文献 常用字段标识符:常用字段标识符:AD 作者地址作者地址 AB 文摘文摘 AU 著者姓名著者姓名 JA 期刊名称期刊名称 LA 语言文种语言文种 MAJR 主要主要MeSH主题词主题词 MH 全部全部MeSH主题词主题词 PG 期刊页码期刊页码 DP 文献出版日期文献出版日期 PT 文献类型文献类型 SH 副主题词副主题词 TW 文本词文本词 TI 题名词题名词 VI 卷卷 IP 期期 检索系统的主要特点:1 1、检索词自动转换功能、检索词自动转换功能 自动对照MeSH词表、刊名转换表、短语表、著者名索引,依次寻找转换 短语寻找转换单词转换 单词在上述四个字段寻找转换在所有字段中转换 2 2、截词检索功能截词检索功能:treat*3 3、强制检索功能、强制检索功能:“single cell”(不再自动转换匹配和扩展检索)4 4、链接功能:、链接功能:(1)链接相关文献。(2)链接 NCBI其他数据库。(3)链接外部资源。(4)链接相关图书。高级检索 一、PubMed的辅助检索(特征栏)1 1、限制检索(、限制检索(Limits Limits)字段限制:著者、刊名、篇名等 数据录入时间:限制选择30天10年 出版日期限制 文献类型限制:7种 语种限制:7种 子文档:13种 输入检索词,系统默认空格为AND关系 限制检索界面 子文档 检索词来源字段限制 文献类型 选择限制 数据录入 时间限制 文献发表 日期限制 只要有文摘 的文献限制 语种 限制 研究对象年龄限制 2 2、预览、预览/索引(索引(Previw/IndexPreviw/Index)预览检索式和检索结果的记录数 修改检索策略(可用检索式编号#1 OR#2)从索引表(Index)中选词检索 检索预览检索预览 检索结果检索结果 索引加词索引加词 检索检索 步骤步骤3 索引选词索引选词 步骤步骤4 确定与检索栏中确定与检索栏中检索提问的逻辑关系检索提问的逻辑关系 步骤步骤2 输入待选词输入待选词 步骤步骤1 点击预览点击预览和索引和索引 3 3、检索史(、检索史(HistoryHistory)检索式回顾:检索号、检索式、检索时间、检索记录数 编辑检索式 如:#3 AND child 注:最多可保留100个检索式。检索历史回顾 检索式 检索时间 检出篇数 检索号 清除检索史 4、粘贴板(Clipboard)存放检索结果,最多可存放存放检索结果,最多可存放500条记录。条记录。1.选择记录 2.选择Clipboard 记录编号的颜色变绿 5、细节(、细节(Details)显示检索词转换匹配运算详细过程显示检索词转换匹配运算详细过程 用途:用途:(1)转换、确定规范词)转换、确定规范词 如:如:liver cancerliver neoplasms (2)修改检索策略)修改检索策略 数据库匹配过程数据库匹配过程 规范词转换规范词转换 你输入的检索式你输入的检索式 检索明细检索明细 修改检索策略的方法:1.检索框中随时修改检索框中随时修改 2.利用“利用“Limit”、“Preview/Index”、”、“History”、”、“Details”功能键实现。”功能键实现。二、左侧栏检索功能 1.Mesh Database 功能:确定规范检索词;查看词义注释、树状结构表;副主题词、扩展主要主题词等。例:欲查SARS(严重急性呼吸窘迫综合症)是否有相关规范词,什么时候在系统中建立该词,有关治疗有无文献?1.选择MeSH数据库检索 2.输入检索词 4.点按此处可获详细注解 3.执行检索 点击此点击此处确认处确认 点击此处点击此处执行检索执行检索 选择副选择副主题词主题词 通过MeSH Database 检索的结果 2.引文匹配器(Citation Matcher):功能:输入题录信息,查找特定文献进行补缺。注意:刊名要准确,缩写要标准;著者姓名大小写均可 如查找:由Chang PY撰写在1975年taiwan yi xue hui za zhi 上发表的文献的其他著者 输入待检刊名 输入待检第一著者 特定文献查找(已知文献第一著者,欲查其他信息如其他著者等)输入出版年 得出其他著者 3.期刊数据库(Journal database):通过输入刊名全称或缩写名等浏览期刊文献。提供电子原文的超链接。期刊数据库检索 输入待检期刊名 得出期刊详细信息 4.临床问题(Clinical Queries):专门检索临床研究方法学(循证医学)文献,主要涉及治疗、诊断、病因、和预后四个分类,并提供强调选择,即敏感度(强调查全)或专指度(强调查准)。5.临床警示(Clinical Alerts):1991年开始,美国卫生健康研究所(NIH)不定期公布能引起死亡率和致病率升高的临床试验项目重要新闻稿。6、PMC(PubMed Center)生命科学期刊资源中心生命科学期刊资源中心 免费提供免费提供185185多种期刊全文(至多种期刊全文(至2005/5/112005/5/11止)止)检索结果输出 显示检索结果 保存检索结果 保存检索策略 打印检索结果 显示字段选择(Display)Abstract:来源期刊、标题、著者、著者地址、记录性质、文献类型、勘误、评论、PMID或UI、摘要。Citation:显示除上述内容外,加MeSH词、化学物质名称、资助项目号等字段。MEDLINE:字段最完整,有标识符 显示格式选择 有免费全有免费全文链接文链接 有文摘有文摘 翻页翻页 相关文相关文献链接献链接 可获电子全文的链接 输出格式选择(send to)选中记录后 Text当前网页文本格式 用浏览器文件保存 File所有记录文本格式:最多10000条 Clipboad 剪贴板:允许最多存储500条,多项检索后一起保存 Email:Email:通过邮件发送通过邮件发送 保存检索策略 Details 中的URL,可以让检索匹配的详细策略放入检索框,该检索页面可以存储入浏览器收藏夹。Cubby 灰色栏中的功能按钮,存储在数据库的个人文档中。需先注册,需先注册,填写用户填写用户名和口令名和口令 打印检索结果 1.浏览器打印(当前显示的网页)2.show功能键,增加网页显示的记录数 3.保存后一起打印 六.获取原文及相关资源 1.联机获取原文(文摘中超链)2.向NLM索取原文(order)(由图书馆出面向成员馆订购)3.相关文献查找(related article)4.其他数据库资源(生物信息学等)Pubmed演示题 1、查找乳腺癌与BRCA1基因突变相关的文献。2、已知:第一作者是Challis DE,出处是Pediatric Research,2000,47(3):30915。要求写出其他合著者。演讲完毕,谢谢观看!

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