生物信息学第37卷第4期医学信息Vol.37No.42024年2月JournalofMedicalInformationFeb.2024作者简介：王啸云（1999.2-），女，黑龙江明水人，硕士研究生，主要从事生物信息学研究通讯作者：杨健康（1984.1-），男，云南大理人，博士，副研究员，主要从事生物信息学研究黑色素瘤外泌体基因的差异分析和ceRNA网络构建王啸云袁杨健康渊大理大学基础医学院袁云南大理671000冤摘要院目的分析黑色素瘤渊MEL冤和健康人外周血外泌体差异表达基因袁构建竞争性内源RNA渊CeRNA冤网络袁寻找MEL新的分子机制遥方法从exoRBase2.0外泌体数据库中下载21例黑色素瘤病人和118名健康人外周血RNA表达数据谱渊包括mRNA尧lncRNA和circRNA冤袁利用R的limma包和Cytoscape软件找出差异表达基因袁预测miRNA后构建CeRNA网络并可视化袁并对CeRNA网络中的mRNA进行GO富集分析遥结果筛选出138个差异表达mRNA袁135个差异表达lncRNA和33个差异表达circRNA遥通过构建CeRNA网络发现袁mRNA尧lncRNA和circRNA竞争性地结合miRNA袁且与miRNA相结合的circRNA表达均下调袁mRNA表达大多下调袁而lncRNA的表达则大多数呈现上调的趋势遥CeRNA网络中的差异表达mRNAGO富集分析显示袁这些基因主要与mRNA分解代谢过程的调节等相关遥结论健康人群和MEL患者外周血外泌体具有显著差异性袁且mRNA尧lncRNA和circRNA可以竞争性地与MEL相关的miRNA结合袁实现相互调控遥这些CeRNA基因为进一步研究MEL发生发展提供了分子基础袁为MEL早期检查和治疗提供新靶点遥关键词院黑色素瘤曰外泌体曰差异表达基因中图分类号院R739.5文献标识码院ADOI院10.3969/j.issn.1006-1959.2024.04.002文章编号院1006-1959渊2024冤04-0008-06ExpressionofExosomalGenesinMelanomaandConstructionofceRNANetworkWANGXiao-yun,YANGJian-kang(SchoolofBasicMedicalSciences,DaliUniversity,Dali671000,Yunnan,China)Abstract：ObjectiveToinvestigatethenovelmolecularmechanismofmelanoma(MEL)exosomesbyanalyzingdifferentiallyexpressedgenesandconstructingacompetingendogenousRNA(CeRNA)network.MethodsTheRNAexpressionprofiles(includingmRNA,lncRNAandcircRNA)ofperipheralbloodfrom21melanomapatientsand118healthypeopleweredownloadedfromtheexoRBase2.0exosomedatabase.ThedifferentiallyexpressedgeneswereidentifiedbyR'slimmapackageandCytoscapesoftware.AfterpredictingmiRNAs,theCeRNAnetworkwasconstructedandvisualiz...
