Researchpaper研究论文22January2023,42(1):330-343菌物学报MycosystemaISSN1672-6472CN11-5180/QDoi:10.13346/j.mycosystema.220423资助项目：福建省农业科学院创新团队建设项目(CXTD2021014-2)；福建省公益类科研院所竞争性项目(2023R11030073)ThisworkwassupportedbytheInnovationTeamBuildingProjectofFujianAcademyofAgriculturalScience(CXTD2021014-2)andtheCompetitiveProjectsofFujianPublicWelfareResearchInstitutes(2023R11030073).*Correspondingauthor.E-mail:chen_tiqiang@189.cnReceived:2022-10-20;Accepted:2022-11-01菌物学报Copyright©2023InstituteofMicrobiology,CAS.Allrightsreserved.|jwxt@im.ac.cnHttp://journals-myco.im.ac.cnTel:+86-10-64807521330陈体强福建省农业科学院研究员，从事灵芝等福九味中药材研究与开发逾30年。近年来完成4种栽培灵芝的全基因组测序。紫芝基因组rDNA序列特征及ITS2二级结构比较陈体强1*，徐晓兰2，石林春3，应正河1，钟礼义41福建省农业科学院食用菌研究所，福建福州3500142福建农林大学动物科学院(蜂学院)中药资源与蜂产品系，福建福州3500023中国医学科学院药用植物研究所，北京1001934福建武平县食用菌技术推广服务站，福建龙岩364300摘要：紫芝栽培品种‘紫芝S2’(武芝2号)的ITS序列与NCBI数据库中5个紫芝菌株/分离株相似度高达99.79%–100%，在系统进化树上相聚成一类。本研究预测‘紫芝S2’基因组与参考基因组中的rRNA基因簇，分析rDNA结构及各构件序列间的多态性。从高质量‘紫芝S2’基因组中挖掘得到完整rDNA，序列全长40.377kb，由4组串联重复的(18S、5.8S、28S、5S)rRNA基因簇组成，并含有完整的基因内间隔区(ITS1、ITS2)和基因间间隔区(IGS1、IGS2)。在紫芝S2的rDNA中，高度保守的28SrRNA基因间出现3个SNP和2个插入(1bp，10bp)位点；虽然第4条ITS2中有1个SNP位点，但紫芝S2的4条ITS2在二级结构上的分子形态高度一致，与ITS2数据库中其他紫芝菌株仅存在螺旋区间夹角的微小差异。由‘紫芝S2’基因组rDNA的ITS2生成的DNA条形码与二维码，可以作为该栽培品种鉴定与同源物种其他菌株鉴别的分子标记。关键词：基因组；完整rDNA；基因内间隔区；ITS2二级结构；紫芝[引用本文]陈体强，徐晓兰，石林春，应正河，钟礼义，2023.紫芝基因组rDNA序列特征及ITS2二级结构比较.菌物学报，42(1):330-343ChenTQ,XuXL,ShiLC,YingZH,ZhongLY,2023.SequencecharacteristicsofgenomicrDNAandcompar...
