长非编码RNA测序分析实战讲解之测序质量评估和Reads回贴卜德超budechao@ict.ac.cn中国科学院计算技术研究所2014-12-20概要•长非编码RNA测序介绍•一个测序实例•长非编码RNA分析流程•步骤一详解：Reads质量评估•步骤二详解：基因组比对•附录：运行命令•长非编码RNA测序介绍•一个测序实例•长非编码RNA分析流程•步骤一详解：Reads质量评估•步骤二详解：基因组比对•附录：运行命令长非编码RNA测序•长非编码RNAs（longnon-codingRNAs，lncRNAs）是一类长度大于200nt且不编码蛋白质的RNAs•长非编码RNA测序：通过测序技术，获得某个物种或特定细胞在某一生理条件下产生的所有的长非编码RNA想测长非编码RNA，提取RNA的步骤是怎样的？转录组内的RNA•转录组RNA，按功能分类：–mRNA–非编码RNA（即Non-codingRNA，如tRNA，rRNAs，microRNAs，piRNAs和lncRNAs等）•转录组内的RNA,按polyA形态：–带polyA的RNA(mRNA和大部分的lncRNA)–不带polyA的RNA(小RNA和小部分的lncRNA)长非编码RNA测序总的RNA(>200)去掉rRNA后的RNA不带polyA的RNA带polyA的RNApolyA富集总的RNA(>200)去掉rRNA后的RNA测序(mRNA+lncRNA)测序(lncRNA)mRNA测序(mRNA+lncRNA)方案二方案一•长非编码RNA测序介绍•一个测序实例•长非编码RNA分析流程•步骤一详解：Reads质量评估•步骤二详解：基因组比对•附录：运行命令9一个测序实例•取样：晚期肝癌病人的肝组织(共4个)–癌旁组织(N)–原发灶(P)–转移灶(M)–门脉血栓转移灶(V)一组时间序列上的4个点的取样RNA提取和测序参数•RNA提取–提取带有polyA的所有RNA•测序–IlluminaHiseq2000测序–文库插入片段长300–双端测序reads长度为100–D-UTP链特异性文库•长非编码RNA测序介绍•一个测序实例•长非编码RNA分析流程•步骤一详解：Reads质量评估•步骤二详解：基因组比对•附录：运行命令12转录组分析的通用套路定量鉴定差异功能有多少RNARNA的表达量结构、表达量、比例的变化功能注释测序数据和参考基因组比对测序评估及低质量过滤编码基因表达注释转录本重构长非编码鉴定长非编码表达注释编码基因差异(特异)表达GO功能显著性富集Pathway显著性富集功能富集网络图长非编码差异表达GO功能显著性富集Pathway显著性富集功能富集网络图FusionsJunctionsGenomeBrowser可视化这一堂课关注内容•长非编码RNA测序介绍•一个测序实例•长非编码RNA分析流程•步骤一详解：Reads质量评估•步骤二详解：基因组比对•附录：运行命令测...
