染色质免疫沉淀(ChIP)染色质免疫沉淀技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。近年来，这种技术得到不断的发展和完善，帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰，也可结合微阵列技术在染色体基因表达调控区域检查染色体活性，是深入分析癌症、心血管疾病以及中央神经系统紊乱等疾病的主要代谢通路的一种非常有效的工具。实验前准备在实验开始前，先准备好本次实验所需的各种试剂盒和相关常规试剂，如本次实验分装PierceAgaroseChIPKit，此试剂盒，提供了简化的方法来实现交联反交联、蛋白消化、免疫沉淀和DNA纯化。相关试剂从冰箱里取出，室温解冻或冰上解冻待用。还需要16%甲醛，5MNaCl及RNase-freewater等本次实验所需的耗材和仪器有：赛默飞公司的ThermoScientific全波长扫描式多功能读数仪、QSP盒装吸头及冰盒，芬兰百得公司提供的各个量程单通道移液器，离心机，恒温水浴锅等。接下来进入实验部分，本实验操作流程为：首先用甲醛处理细胞，使蛋白质与DNA交联，然后用微球菌核酸酶进行消化，进行免疫反应之后，解除蛋白质DNA的交联，最后回收得到的DNA。甲醛处理使蛋白质与DNA交联在实验前需将待用细胞，用胰酶消化，进行细胞计数后，调整细胞密度到所需的密度后，方可进行实验。在含相应细胞数量的细胞悬液中，根据细胞培养基的体积，加入16%的甲醛至终浓度为1%。轻柔颠倒混匀，通风橱中室温孵育10min。在含1%甲醛的培养基中加入10×GlycineSolution至终浓度为1×，混匀，室温孵育5min，目的是终止交联。3000×g离心5min，弃掉培养基，用适量预冷的PBS洗细胞，离心去除废液。重复用PBS洗细胞两次，小心悬浮。离心弃除废液，加入1ml含1%HaltCocktail的预冷PBS，悬浮细胞并将细胞悬浮液转移至1.5ml离心管中。3000×g离心5min可直接进行下一步骤。细胞裂解并用微球菌核酸酶进行消化MicrococcalNuclease可以将染色质切成一到几个核小体，比常规的超声波处理的结果更精致，更均一。另外，酶反应的条件比较温和，对DNA和DNA与蛋白的复合物的损伤较小，而且蛋白不易变性。交联好的蛋白质与DNA的复合物，弃上清后，加入100μl预先准备好的已含蛋白酶抑制剂的预冷LysisBuf...
