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甲基化检测原理及步骤(1).pdfVIP免费

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1DNA亚硫酸氢盐修饰和纯化操作步骤修饰设计:使用CpGenomeTMkit使胞嘧啶转化为尿嘧啶的步骤如下。中等温度碱性pH下使DNA变性成为单链形式暴露出碱基。试剂一,一种包含亚硫酸氢根的钠盐,可使未甲基化的胞嘧啶磺化和水解脱氨,产生一种尿嘧啶磺酸盐中间产物。然后DNA在另一种盐﹙试剂二﹚存在的条件下与一种微粒载体﹙试剂三﹚结合,并通过重复离心和在70%的乙醇中重悬浮脱盐。向尿嘧啶的转化是通过在90%的乙醇中反复碱性脱磺酸基作用和脱盐完成的。DNA最终在TE缓冲液中通过加热从载体上洗脱下来。第一步:试剂准备(1)3MNaOH原料(用前现配)把1g干NaOH片剂溶解在8.3mL水中。使用此类腐蚀性碱,注意小心谨慎和实验操作。(2)20mMNaOH/90%EtOH(用前现配)配制1mL该溶液需:900μl100%的乙醇,93.4μl水,6.6μl3M的氢氧化钠。(3)溶解试剂Ⅰ(用前现配)打开前将试剂瓶加温至室温。对每份待修饰的样本,称取0.227gDNA修饰试剂Ⅰ加入0.571mL水中。充分涡旋振荡混合。使用该试剂时要小心谨慎,因为它对呼吸系统和皮肤有刺激性。用大约20μl3MNaOH调整pH至5.0,用pH试纸检测pH值。试剂Ⅰ避光保存以免分解。为了最佳效果,试剂应在配置后立即使用。(4)溶解试剂Ⅱ打开前将试剂瓶加温至室温。将1μlβ-巯基乙醇加入20mL去离子水中。每份待修饰的DNA样本需将750μl该溶液加入到1.35gDNA修饰Ⅱ。充分混合确保完全溶解。过量的试剂可用箔纸包裹的容器、2℃-8℃、避光保存长达6周。第二步:DNA修饰程序1、在带有螺旋形瓶盖的1.5-2.0mL的微量离心管中:将7.0μl3MNaOH加入到含有1.0μgDNA的100μl水中(10ng/μl),混匀。注意:如果样本含有的DNA量不到1.0μg,就向样本DNA中加入2μlDNA修饰试剂Ⅳ并加水至总体积100μl。再加入7.0μl3MNaOH并混匀。2、50℃DNA孵育10分钟(加热块或水浴)23、加入550μl新鲜配制的DNA修饰试剂Ⅰ并涡旋振荡。4、加热块或水浴50℃避光孵育4-16小时。第三步:初步脱盐1、强力涡旋振荡悬浮DNA修饰Ⅲ。用10x的1mL塑料移液管枪头来回吸排悬液以分散仍存在的凝块。2、向含DNA溶液的管中加入5μl充分悬浮的DNA修饰试剂Ⅲ。3、加入750μlDNA修饰试剂Ⅱ并充分混匀。4、室温孵育5-10分钟。5、5000Xg离心10秒使DNA试剂Ⅲ成颗粒状。(应出现一种白色的小颗粒。)弃去上清。6、加入1.0mL70%的乙醇,涡旋振荡,5000Xg离心10秒,弃去上清。该步骤重复进行,共3次。7、将第三次上清弃去后,离心管高速离心2分钟,用塑料移液管枪头移去剩...

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