1蛋白灰度分析总结Bysssholy2012-08-26（stejun@foxmail.com）蛋白灰度分析软件有：Image-ProPlus，QuantityOne，ImageJ等~~但总的来说：（1）Image-ProPlus综合性能最好，操作简便结果可靠！因为它有强大的IOD算法，能准确反应蛋白灰度~~但需要靠魔棒或轨迹法选取目的蛋白区域，有一定的主观性，不过蛋白灰度测定本身就是半定量分析-----测量值本身就没有一定标准，不同软件测量值不同，即使相同软件重复测量数值也不一定相同，因此只要测定数值能反应目的蛋白变化趋势，测量值相对偏差不大即可~~~（2）QuantityOne有泳道-轨迹测定法，等高线/手绘选取目的区域测定法等方法。ⅰ.泳道-轨迹测定法：过程：先剔除一系列背景，再选择泳道（lane），然后分析条带（band）,最后使用高斯建模得出灰度分析值（GaussModeltrace）特点：感觉比较科学，重复性好，但十分繁琐，而且有时不能正确反应灰度（我亲测过，亲~~）。ⅱ.等高线-手绘选取目的区域测定法：通过等高线或手绘选取目的蛋白区域，最简便，但重复性不太好。（3）ImageJ最坑爹~~~，它用魔棒选取区域测定灰度，可是有时很难选中所需区域，而且方法繁琐，不推荐！！在此，只总结综合性能最好的Image-ProPlus（IPP）蛋白灰度分析方法~~~~2Image-ProPlus分析蛋白灰度教程说明：目的蛋白的灰度=目的蛋白IOD值/相应内参IOD值1.使用Photoshop剪切出目的区域（只含westernbolt条带，如图），保存为TIFF格式文件。2.Image-ProPlus打开文件，剔除背景：（1）放大镜放大目的区域（2）Measure---calibration---intensity---options----image,选择背景最大value值------ok-------ok----system----close(3)Measure---count/size---measure---selectmeasurements，选择IOD为测量值，调整结果显示方式：Options-labelstyle改为mesurement，选择IOD为显示值。（4）接下来有2种方法选择目的蛋白区域（即找出AOI，areaofinterest,IPP核心元件）：魔棒和手绘轨迹法。魔棒：首选方法，客观科学，适合于蛋白条带轮廓清楚且各蛋白条带不融合（若条带弥散，相互融合，则魔棒无法选择单一蛋白条带，这时就要用手绘通过肉眼选择目的蛋白区域）。手绘轨迹法：主观性较强，当魔棒无法选择单一条带时才使用。（5）count/size---edit-----convertAOItoobject---得出IOD值（6）若测下一条带，则点NEWAOI按钮，再按以上方法选择AOI(7)可以count/size---view---measurementdata显示或输出测量值图示过程如下：34567魔棒法：Or手绘...
