系统生物学与信息整合XXX利用蛋白质-蛋白质相互作用的数据，蛋白质配偶的特性来分类蛋白质对2709种公开发表的酵母菌Saccharomycescerevisiae的蛋白质之间的相互作用进行综合分析，建立了1538种蛋白质之间的2358种相互作用的统一的大型网络。根据蛋白质的相互作用的配偶的已知功能把2709种可能的功能判归给蛋白质。此方法正确地为72%的1393种有不止一个已知功能的配对者的特征化蛋白质推测了一个功能种类，也用来推测364种以前的未特征化的蛋白质的功能。通过这种方法，网络能准确的推测72%的至少带有一个特征性配对者的1393种特征性蛋白质。蛋白质从蛋白质相互作用推测Marcotte等人的推测YNR053CRNA处理/修饰(5/5)转录,细胞组建,核组建,RNA接合(5/5)mRNA转录,mRNA接合(e:3,p:1)BIR1细胞周期控制(2/4)-CNS1细胞张力(2/3)，蛋白质折叠(2/3)细胞组建,核组建(p:33)YGL161C小泡运输(2/3)，细胞膜融合(2/3)-YIP3小泡运输(3/3)-YMR322C细胞张力(3/3)-YPR105C小泡运输(2/3)-AIP2细胞极性(2/2)细胞组建,碳水化合物利用,碳水化合物代谢,新陈代谢,发酵;能量(e:2,p:4)DUO1有丝分裂(2/4)-EBS1碳水化合物新陈代谢(2/5)-表1从蛋白质-蛋白质相互作用预测蛋白质功能与用结合算法（combinedalgorithm）预测蛋白质功能的比较FPR4蛋白质合成(2/3)细胞组建，转录，核组建(e:1,two:2)GIP2有丝分裂(2/2)-ISA1蛋白质合成(2/2)氮硫利用,代谢,氮硫代谢(p:2)RDI1细胞极性(2/3)G-蛋白质(e:1)SMY2RNA接合(2/2)转录;细胞组建,mRNA接合,核组建，mRNA转录(e:1)YDR100w小泡运输(2/2),细胞质融合(2/2)-YEL015WRNA处理/修饰(2/6)转录;细胞组建,mRNA接合核组建,mRNA转录(e:1)YER079W信号传导(2/2)-YGL096WRNA处理/修饰(2/2),RNA接合(2/2)转录;细胞组建,mRNA接合核组建,mRNA转录(e:1)YJL019W染色质/染色体结构(2/2)-YKR030W小泡运输(2/2)-YLR128W细胞极性(2/4)-YLR128W细胞极性(2/4)-YLR269CRNA处理/修饰(2/2),RNA接合(2/2)-YLR368W蛋白质衰变(2/5),氨基酸新陈代谢(2/5)-细胞周期控制(2/5)YLR435W蛋白质合成(2/2)-YLR456WRNA处理/修饰(2/4)RNA处理/修饰,mRNA转录,mRNA处理(e:1)YNL311C氨基酸新陈代谢(2/2)-YPL105CRNA接合(2/2)-a根据蛋白质相互作用推测仅列出与两个或两个以上的已知功能的相互作用配偶的蛋白质，括号内的数字为某一功能的相邻蛋白质数/已知功能的相互作用的配偶蛋白质数。蛋白质相互作用推测根据...
