ｄｏｉ：１０．１１８１６／ｃｎ．ｎｉ．２０１４－１３０２７７·论著·高通量混合基因测序预测志贺菌属新型耐药基因研究靳春雷，宋智健，周铁丽，包其郁，李劲松（温州医科大学检生学院生物系，浙江温州３２５０１４）摘要：目的通过高通量测序结合生物信息学分析，预测１１０株志贺菌属中与耐药基因库序列相似度差异较大的潜在新型耐药基因。方法１１０株志贺菌属来源于２００６年６月－２０１１年６月温州地区不同医院腹泻患者粪便标本，采用碱裂解法提取志贺菌属的混合基因ＤＮＡ，ＩｌｌｕｍｉｎａＨｉＳｅｑ２０００高通量测序；通过基于同源比对核心算法的基因分析，挖掘与已知耐药基因遗传变异较大、相似性较低的潜在新型耐药基因。结果１１０株志贺菌属中福氏志贺菌３０株、宋氏志贺菌８０株，福氏、宋氏志贺菌高通量测序总碱基数分别为４．９和３．５Ｇｂ；志贺菌属高通量测序数据信息挖掘，分别获得潜在的耐药片段宋氏志贺菌２５５个和福氏志贺菌２７２个，分布于７１２条Ｕｎｉ－ｇｅｎｅ中；ＧＯ和ＣＯＧ蛋白功能数据库注释，发现其分子功能绝大多数与转运（２１．３％）、催化（２５．２％）、结合（２５．２％）和转录调控（９．３％），福氏志贺菌ｄｅｎｏｖｏ组装后预测发现外排泵基因ｍｄｔ操纵子。结论研究提出的基于同源比对的核心算法，可以有效地预测与参考耐药基因序列相似性较低的基因，为新型耐药基因的发现提供了思路。关键词：志贺菌属；混合基因；测序；新耐药基因预测中图分类号：Ｒ３７９文献标识码：Ａ文章编号：１００５－４５２９（２０１４）０６－１３０７－０４Ｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔｈｙｂｒｉｄｇｅｎｏｍｅｓｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｉｎｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｎｏｖｅｌｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅｓｉｎＳｈｉｇｅｌｌａＪＩＮＣｈｕｎ－ｌｅｉ，ＳＯＮＧＺｈｉ－ｊｉａｎ，ＺＨＯＵＴｉｅ－ｌｉ，ＢＡＯＱｉ－ｙｕ，ＬＩＪｉｎ－ｓｏｎｇ（ＷｅｎｚｈｏｕＭｅｄｉｃａｌＣｏｌｌｅｇｅ，Ｗｅｎｚｈｏｕ，Ｚｈｅｊｉａｎｇ３２５０１４，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＯＢＪＥＣＴＩＶＥＴｏｐｒｅｄｉｃｔｔｈｅｎｏｖｅｌｄｒｕｇｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅｓｉｎ１１０ｓｔｒａｉｎｓｏｆＳｈｉｇｅｌｌａｗｈｉｃｈｖａｒｙｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙｆｒｏｍｔｈｅｄｒｕｇｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅｂａｎｋｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｔｈｒｏｕｇｈｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕ...
