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【从零学测序】癌症基因组重测序分析第二讲(1).pdfVIP免费

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肝癌发生存在多中心起源假说,即多个癌灶之间在肝内是彼此独立形成的,那么这类病人可能尚属肝癌发生早期,通过手术切除能达到较为理想的效果,并且预后较好。但如果在多个癌灶之间存在遗传关系(肝内播散),即其中一些癌灶是通过其他癌灶转移而形成的,那么这类病人应属肝癌晚期,手术效果差。但这种假说从未被真正证实过,限于之前的技术原因也无从判断,它一直存在于肝脏外科医师的经验中。癌症基因组测序:对癌症及对照组织的DNA进行提取,利用高通量测序技术,高效快速地对癌症及对照组织DNA序列进行测定;通过生物信息学分析,与对照组织的比较,得到癌症组织DNA序列中的单碱基、多碱基水平的变异,拷贝数的变异,基因组结构的变异等。PI-N;PII-N;PI-B;PII-B;1.HBV整合位点2.体细胞突变3.拷贝数变异4.基因组结构变异Geneswithoverfour-folddifferentialexpressioninthePIandPIItumourswereevaluatedforpathwayenrichment.FiveKEGGorBioCartapathwayscomprisingatotalof21genes,includingcellcycle(hsa04110),p53signaling(hsa04115),histidinemetabolism(hsa00340),G2/Mcheckpoint(g2Pathway),andRan-mediatedmitoticspindleregulation(ranMSpathway),werefoundtobeexclusivelyenrichedinPItumoursSevenofthehighestlevelexpressinggenes(>10fold)wereselectedforfurthervalidationbyqRT-PCRusingpairedtumour/livertissuesfrom174HBV-HCCpatients.本周线下沙龙主题:“转录组与长非编码RNA测序技术及应用”时间:本周六下午2:30地点:北京市海淀区科学院南路6号,中科院计算技术研究所8层会议室,限定人数:30人线下讨论报名方式:回复“测序沙龙:姓名+单位/学校+邮箱+手机号”至测序中国官方微信公众号:seq114微信测序讨论群

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