覆盖度、深度MatthewM.et.alNaturereviews2010Insertsize！！IlluminaHiseq测序仪1亿颗不同类型的草莓种子，如何知道每颗种子长出什么样的草莓？Illumina平台测序核心区Illumina平台测序核心区平面细节待测DNA片段进入流动槽待测DNA片段固定过程，每条DNA片段形成“一棵树桩”待测DNA片段固定后，开启桥式扩增第一个循环（形成“两种树桩”）桥式扩增至第N个循环，形成“森林”只保留每片森林中的一种“树桩”单独一片森林中的一种“树桩”形成的放大展示同一片森林中的每个“树桩”开始同步测序同一片森林中的每个“树桩”开始同步测序---进行到第N个循环测定“Barcode”“江山轮流做”以第二种“树桩”为模板的测序过程，双端测序完毕Phasingandpre-phasingarecausedbyincompleteremovalofthe3'terminatorsandfluorophores,sequencesintheclustermissinganincorporationcycle,aswellasbytheincorporationofnucleotideswithouteffective3'terminators.Phasingandpre-phasingcausetheextractedintensitiesforaspecificcycletoconsistofthesignalofthecurrentcycleaswellasnoisefromtheprecedingandfollowingcycles.Asthenumberofcyclesincreases,thefractionofsequencesperclusteraffectedbyphasingincreases,hamperingtheidentificationofthecorrectbase.PhasingPre-phasingQ20：该碱基出错率0.01Q30:该碱基出错率0.001……Q=-10Log（P-value）MiSeqNextSeq500Hiseq2500适合靶向及小型基因组测序适合日常基因组测序适合大规模基因组测序Reads/readpairs数目25M130-400M1.5G测序读长2*3001*752*752*1502*502*1002*150测序通量15G20-120G90-600G大型基因组测序（人类基因组30倍覆盖度）不适用11-6小型基因组测序（5M微生物基因组30倍覆盖度）1-96120-79296-6000人类外显子测序13-996表达谱分析（10Mreads）1-213-4060-400转录组测序（50Mreads）不适用2-812-80谢谢！任何问题，欢迎参加今晚8:00在线课程讨论！微信测序讨论群
