103李兰等基于多因素耦合参数拟合蛋白质折叠速率第2期第42卷第2期2023年4月内蒙古工业大学学报（自然科学版）JournalofInnerMongoliaUniversityofTechnology（NaturalScienceEdition）Vol.42No.2Apr.2023文章编号：1001-5167（2023）02-0103-06基于多因素耦合参数拟合蛋白质折叠速率李兰，张颖（内蒙古工业大学理学院，呼和浩特010051）Proteinfoldingratefittingbasedonmulti-factorcoupledparametersLILan,ZHANGYing收稿日期：2022-10-17基金项目：内蒙古自治区自然科学基金项目（2022LHMS03014）；内蒙古自治区直属高校基本科研业务费项目（JY20220069）第一作者：李兰（1996—），女，2020级硕士研究生，主要从事生物信息统计计算研究。E-mail:lilan96066@163.com通信作者：张颖（1973—），女，博士，副教授，主要从事计算生物学研究。E-mail:yzhang@imnt.edu.cn(SchoolofScience,InnerMongoliaUniversityofTechnology,Hohhot010051,China)Abstract：Thefourparametersincludingthenumberofregularsecondarystructures,theweightedlong-rangeorderofaminoacidtypes,theradiusofgyrationperunitchainlengthandthenematicorderwereextractedfromthesequenceandstructureofthenativestateoftheprotein.Theseparameterscharacterizethesize,topology,aminoacidcomposition,geometryandtheordereddegreeofsecondarystructurearrangementoftheprotein,respectively.Thefourparameterswerecoupledtogethertoconstructapower-lawdependenceequationbetweenthecouplingparametersandthefoldingrate.Onanexperimentaldatasetcontaining155proteinfoldingrates,theparameterstobedeterminedfortheequationsweredeterminedusingmaximumlikelihoodestimation.Theresultsshowthatthecouplingparameterachievesan80%goodnessoffittothefoldingrateandthat95%oftheproteinfoldingratesarewithin50-foldofthepredictedvalue,andforthefoldingratedataspanningnineordersofmagnitude,thecouplingparametercapturesthemajorfactorsaffectingthefoldingrate.Keywords：proteinfoldingrate;couplingparameter;power-law;maximumlikelihoodestimation摘要：从蛋白质天然态的序列和结构中，提取了规则二级结构数、氨基酸类型加权长程序、单位链长回转半径和向列序等4个参数，这些参数分别表征了蛋白质的大小、拓扑、氨基酸组成、几何形状和规则二级结构排列有序性。将...
