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基于全基因组鉴定与分析金钗石斛GRAS基因家族_杨涛.pdfVIP免费

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贵州农业科学GuizhouAgriculturalSciences2023,51(3):105~116http://www.gznykx.org.cnDOI:10.3969/j.issn.1001-3601.2023.03.014收稿日期:2022-08-29基金项目:贵州省科技计划项目“黔产金钗石斛DELLA基因的克隆与功能鉴定”[黔科合基础(2019)1035];国家自然科学基金项目“ΔpolyS/T/V型DoDELLA在铁皮石斛种子发育过程中的功能研究”(82160720)作者简介:杨涛(1999-),男,在读硕士,研究方向:药用植物分子生物学。E-mail:1586613641@qq.com*通讯作者:邹颉(1984-),男,副教授,博士,从事植物生殖生物学研究。E-mail:157870300@qq.com基于全基因组鉴定与分析金钗石斛GRAS基因家族杨涛,马庆,邹西西,陈念,邹颉*(贵州中医药大学,贵州贵阳550025)摘要:【目的】探明金钗石斛(Dendrobiumnobile)GRAS基因家族的结构与功能,为研究GRAS家族在金钗石斛生长发育过程中的功能提供参考。【方法】采用全基因组鉴定及分析技术对金钗石斛GRAS家族成员进行鉴定,并进行生物信息学和基因表达模式分析。【结果】金钗石斛基因组中有53个GRAS基因(DnGRAS1~DnGRAS53),大部分GRAS基因不含有内含子,仅DnGRAS1、DnGRAS5、DnGRAS9、Dn-GRAS10、DnGRAS19、DnGRAS376个GRAS基因有内含子,分布在PAT1、LISCL、SHR、SCR4个亚族当中;金钗石斛GRAS基因不均匀的分布在染色体上,普遍存在于基因密度较高的区域,并未出现染色体内的串联重复现象,其中,仅有16对GRAS基因具有共线性,具有高度同源性;GRAS基因含有赤霉素响应、低温响应、生长素响应、防御与应激响应等与生长发育相关的顺式作用元件。DnGRAS21和DnGRAS39基因在根中表达最高,在茎、叶、花中也有不同程度表达。【结论】GRAS家族基因在根部表达量较高。推测GRAS家族基因可能在根中起重要的调控作用,从而影响金钗石斛根的生长发育。关键词:金钗石斛;GRAS;生物信息学;转录组数据分析;调控中图分类号:S682.31文献标识码:A文章编号:1001-3601(2...

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