DOI:10.12300/j.issn.1674-5817.2022.103实验动物与比较医学LaboratoryAnimalandComparativeMedicineFeb.2023,43(1)SPF级雄性SD大鼠回肠与结肠菌群结构比较分析许琴1,倪艳1,2,是文辉1,李建瑛1,刘江伟1,赵红琼2,徐新明3(1.新疆军区总医院,新疆特殊环境医学重点实验室,乌鲁木齐830000;2.新疆农业大学动物医学学院,乌鲁木齐830052;3.新疆畜牧科学院生物技术研究所,乌鲁木齐830000)[摘要]目的使用高通量测序技术分析SPF级雄性SD大鼠回肠与结肠菌群结构与丰度。方法收集30只SPF级雄性SD大鼠的回肠及结肠腔内容物,提取内容物中细菌总DNA并进行PCR扩增。使用IluminaNovaSeq测序平台对样本中细菌16SrRNA的V3-V4区进行测序。然后基于有效数据在门、属水平上分析肠道菌群的物种结构和丰度,采用QIIME软件(扩增子)分析工具分析回肠和结肠菌群的多样性及差异,同时应用Tax4Fun程序预测回肠及结肠菌群的优势基因富集通路。结果在门水平上,雄性SD大鼠回肠内微生物优势菌群主要是厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria),占比超过98%;结肠内微生物优势菌群主要是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),占比超过95%。在属水平上,回肠以乳酸杆菌属(Lactobacillus)和另枝菌属(Alistipes)为主要优势菌群,结肠以乳酸杆菌属(Lactobacillus)及罗姆布茨菌属(Romboutsia)为优势菌群。在菌群多样性方面,结肠菌群的α多样性包括丰富度指数(Chao1指数)及多样性指数(香农指数Shannonindex)都显著高于回肠(P<0.01),其菌群物种的组成结构差异性比回肠小;回肠菌群结构差异性显著的主要是厚壁菌门(Firmicutes)、罗姆布茨菌属(Romboutsia)和消化链球菌科(Peptostreptococcaceae),而结肠菌群结构差异性显著的是拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌纲(Bacteroidia)和拟杆菌目(Bacteroidales)。在菌群功能方面,回肠菌群优势基因显著富集于类脂物代谢、多酮代谢、膜运输、生物降解等通路,而结肠菌群优势基因显著富集于甘聚糖生物合成代谢、能量代谢、辅助因子和维生素及其他产物的生物合成等通路。结论SPF级雄性SD大鼠回肠与结肠菌群在结构与丰度上存在显著差异,结肠菌群的丰富度及多样性高于回肠。[关键词]肠道菌群;菌群丰度;回肠;结肠;SD大鼠[中图分类号]Q95-33;R-332[文献标志码]A[文章编号]1674-5817(2023)01-0053-08AnalysisonIleumandColonMicrofloraofSPFMaleSDRatsbasedonHigh-throughputSequencingXUQ...