第32卷第2期2023年6月江苏海洋大学学报(自然科学版)JournalofJiangsuOceanUniversity(NaturalScienceEdition)Vol.32No.2Jun.2023DOI:10.3969/j.issn.2096-8248.2023.02.008基于药效团和分子对接筛选D-丙氨酰-D-丙氨酸连接酶抑制剂*王亚铃1,2,姚明丽1,2,钱晨亮1,2,夏杰1,2,司鑫鑫1(1.江苏海洋大学药学院,江苏连云港222005;2.中国医学科学院北京协和医学院药物研究所,北京100050)摘要:试图通过虚拟筛选来发现具有抑制D-丙氨酰-D-丙氨酸连接酶(D-alanine-D-alaninelig-ase,Ddl)潜力的新结构类型抗生素。以活性较强的Ddl抑制剂作为训练集,使用DiscoveryStudio软件中的HipHop模块构建10个药效团,以性能最好的药效团对Specs化合物库进行虚拟筛选,然后通过LibDock进行基于分子对接(PDBID:1IOW)的筛选。结果表明,high_active_08模型预测性能最佳,该模型含有2个氢键受体和3个氢键供体共5个药效团特征元素。用药效团模型、分子对接对Specs库进行高通量筛选,通过结合模式分析最终从约21万化合物库中得到34个化合物,经过分子聚类确定11个有潜力且与药效团匹配度高的多样性Ddl小分子抑制剂。high_active_08药效团模型可以筛选出具有Ddl抑制潜力的结构新颖的抗菌化合物。关键词:Ddl抑制剂;药效团;分子对接;虚拟筛选中图分类号:R966;TP399文献标志码:A文章编号:2096-8248(2023)02-0053-07High-throughputVirtualScreeningofD-alanyl-D-alanineLigaseInhibitorsBasedonPharmacophoreandMolecularDockingWANGYaling1,2,YAOMingli1,2,QIANChenliang1,2,XIAJie1,2,SIXinxin1(1.SchoolofPharmacy,JiangsuOceanUniversity,Lianyungang222005,China;2.InstituteofMateriaMedica,ChineseAcademyofMedicalSciences&PekingUnionMedicalCollege,Beijing100050,China)Abstract:NewstructuralantibioticswithpotentialtoinhibitD-alanine-D-alanineligase(Ddl)wereidentifiedbyvirtualscreening.UsingDdlinhibitorswithhighactivityasthetrainingset,10pharmacophoreswereconstructedbyusingDiscoveryStudiosoftwarebasedontheHipHopofsmallligandmolecules,thebestpharmacophorewasusedforvirtualscreeningofSpecscom-poundlibrary,andthenthemoleculardockingbased(PDBID:1IOW)screeningwasperformedbyLibDock.Theresultsshowedthatthehigh_active_08modelhadthebestpredictionperform-ance,whichcontainedaltogether5pharmacophorecharacteristicelementsincluding2hydrogenb...
