《癌症进展》2023年3月第21卷第6期ONCOLOGYPROGRESS,Mar2023Vol.21,No.6*论著*基于生物信息学分析肾透明细胞癌中植物同源结构域指蛋白基于生物信息学分析肾透明细胞癌中植物同源结构域指蛋白6的表达及临床意义表达及临床意义△于建宇1，方爱钟2，郑义2，于春娜1，彭怡琛1，林艺1，汪晓敏1#，李文斌1,2#1首都医科大学附属北京天坛医院神经肿瘤综合治疗病区，北京1000712首都医科大学健康医疗大数据国家研究院，北京1000690摘要摘要：目的目的基于生物信息学分析肾透明细胞癌（KIRC）中植物同源结构域指蛋白6（PHF6）的表达及临床意义，进而推断PHF6在KIRC中的作用。方法方法通过癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载535例KIRC组织及72例正常肾组织的表达数据和临床数据，从基因型-组织表达（GTEx）数据库下载28例正常肾组织的表达数据和临床数据。比较TCGA、GTEx数据库中正常肾组织与KIRC组织中PHF6的表达情况，并比较不同临床特征KIRC患者KIRC组织中PHF6的表达情况。依据PHF6表达水平的中位数，将TCGA数据库中535例KIRC患者分为PHF6高表达组和PHF6低表达组，比较两组患者的总生存期（OS）、无进展生存期（PFS）、疾病特异性生存期（DSS）。对PHF6高表达组和PHF6低表达组差异表达的基因进行基因本位（GO）分析，并对PHF6高表达组的基因进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析；选取相关基因进行相关性分析，并通过免疫组化法验证PHF6表达与核糖体蛋白S6激酶A6（RSK4）表达的相关性。结果结果与正常肾组织相比，PHF6在KIRC组织中表达下调，PHF6高表达组KIRC患者的中位OS、PFS、DSS均长于PHF6低表达组（P﹤0.05）。通过GO分析可知，差异基因主要集中于体液免疫应答和补体激活等生物学过程，免疫球蛋白复合物和血液微粒等细胞成分，抗原结合、糖胺聚糖结合和硫化合物结合等分子功能上；通过KEGG通路分析可知，PHF6高表达的信号通路中与免疫相关的信号通路活化。相关性分析结果显示，如肌醇1，4，5-三磷酸2型受体（ITPR2）、磷脂酶A2组ⅣA（PLA2G4A）、前列腺素F受体（PTGFR）、RSK4均与PHF6的表达呈正相关（r=0.52、0.34、0.50、0.42，P﹤0.01）。免疫组化结果显示，RSK4蛋白的表达与PHF6蛋白的表达呈正相关（r=0.557，P﹤0.01）。结论结论与正常肾组织相比，PHF6在KIRC组织中表达下调，PHF6高表达KIRC患者的预后较好，RSK4的表达与PHF6的表达呈正相关。可以根据PHF6的表达水平，对KIRC患者进行干预，有必要将其作为KIRC的候选生物标志物。关键...
