2023年河北大学学报(自然科学版)2023第43卷第2期JournalofHebeiUniversity(NaturalScienceEdition)Vol.43No.2DOI:10.3969/j.issn.10001565.2023.02.009不同组装软件在系统发育基因组学中的应用比较王耀卓,张文强,张俊霞(河北大学生命科学学院,生命科学与绿色发展研究院,河北省动物系统学与应用重点实验室,河北保定071002)摘要:为了筛选出最适合于超级保守元件(ultra-conservedelements,UCE)序列组装的软件,分别使用5款组装软件SPAdes、ABySS、Velvet、Trinity和Minia对17个UCE捕获测序文库进行组装.结果发现:5款组装软件对UCE数据的组装结果不同,Trinity组装所耗时间明显比其他软件长;SPAdes和Trinity的组装结果较好,得到的可观长度的重叠群(contigs)总数较多,产生的长片段(>250bp)contigs较其他3款软件更多,但是SPAdes捕获到的UCE数量最多,因此,相比于其他4款组装软件,SPAdes更适合UCE数据的组装.本研究为基于UCE的系统发育基因组学分析提供了参考.关键词:数据分析;超级保守元件;系统发育基因组学中图分类号:Q951文献标志码:A文章编号:10001565(2023)02017108ComparisonofapplicationofassemblersinphylogenomicsWANGYaozhuo,ZHANGWenqiang,ZHANGJunxia(KeyLaboratoryofZoologicalSystematicsandApplicationofHebeiProvince,InstituteofLifeScienceandGreenDevelopment,CollegeofLifeSciences,HebeiUniversity,Baoding071002,China)Abstract:Toselectthemostsuitableassemblerforultra-conservedelements(UCE)phylogenomicpractice,fivedifferentassemblysoftwares,SPAdes,ABySS,Velvet,TrinityandMiniawereapplied,toassemble17UCEcapturedsequencinglibraries,respectively.Theresultsshowedthatamongthefiveassemblers,Trinityconsumedsignificantlylongercomputationaltimethantheothers;SPAdesandTrinitybothassembledmorecontigsandobtainedmorelongercontigs(>250bp)thantheotherthreeassemblers,butSPAdescapturedthehighestnumberofUCEloci.Therefore,SPAdesismoresuitablefortheassemblyofUCEdatathantheotherassemblysoftwares.ThisstudyprovidesatechnicalreferenceforthepracticeofUCE-basedphylogenomicstudies.Keywords:dataanalysis;UCE;phylogenomics系统发育基因组学是系统发育学与基因组学融合而产生的一门交叉学科,基于基因组尺度序列数据来研究生物类群的进化历史和功能[1-2],目前已被广泛应用于鸟类[3-4]、哺乳动物[5]和蛛...
