基于下游实验的样本质量分析刘丽1,2,林金嬉1,2,梁宪红1,2,李上智1,2,乔琳1,2,佟玲1,2,秦海强1,3(1.首都医科大学附属北京天坛医院,北京100070;2.国家神经系统疾病临床医学研究中心,北京100070;3.首都医科大学附属北京天坛医院神经病学中心,北京100070)DOI:10.11748/bjmy.issn.1006-1703.2022.11.028收稿日期:2022-09-03;修回日期:2022-09-30基金项目:国家自然科学基金资助项目(编号:81870907,82271299);“十三五”国家重点研发计划项目(编号:2016YFC1301604)通讯作者:秦海强。E-mail:qhq_bj@163.com摘要:目的依据ISO20387生物样本库通用要求,通过下游实验对现有的白细胞提取质量进行验证,探索适用于生物样本库认可的样本前处理方法。方法对2021年1月至2022年6月使用白细胞进行靶向捕获测序的样本进行DNA提取,通过OD260/280、OD260/230、测量浓度,计算得率对DNA质量进行评价。结果5850例白细胞提取DNA,纯度足够高的样本占比为86.24%,得率大于10μg满足实验需求的样本占比为92.51%。结论将红细胞裂解步骤提前,在新鲜样本时进行,使用纯度较高的白细胞进行DNA提取,通过验证,上述提取方法可行,高纯度样本有效减少了红细胞的干扰,为样本库探索未知研究提供更为可靠的生物样本。关键词:质量;验证;DNA中图分类号:R393-33文献标识码:AAnAnalysisofSampleQualityBasedonDownstreamExperimentsLIULi1,2,LINJinxi1,2,LIANGXianhong1,2,LIShangzhi1,2,QIAOLin1,2,TONGLing1,2,QINHaiqiang1,3(1.BeijingTiantanHospital,CapitalMedicalUniversity,Beijing100070,China;2.NationalClinicalResearchCenterforNeurologicalDiseases,Beijing100070,China;3.DepartmentofNeurologyofBeijingTiantanHospital,CapitalMedicalUniversity,Beijing100070,China)Abstract:ObjectiveToverifythequalityoftheexistingleukocyteextractionsamplesthroughdownstreamexperimentsaccordingtothegeneralrequirementsofISO20387biobanks,andtoexplorethesamplepretreatmentmethodsthataresuitableforbiobankapproval.MethodsFromJanuary,2021toJune,2022,DNAwasextractedfromsamplesusingleukocytesbytargetedcapturesequencing,andtheDNAqualitywasevaluatedbyOD260/280,OD260/230,measuredconcentration,andcalculatedyield.ResultsDNAwasextractedfrom5850casesofleukocytes,inwhichtheproportionofsampleswithsufficientpuritywas86.24%,andtheproportionofsampleswithayieldgreat...
