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基于生物信息学分析LncR...乳头状癌中的表达及相关分析_梁新科.pdfVIP免费

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·论著·[收稿日期]2022-03-07[基金项目]邯郸市科学技术研究与发展计划项目任务(19422083015-3)[作者简介]梁新科(1981-),男,河北磁县人,河北省邯郸市邯钢医院主治医师,医学学士,从事甲状腺疾病诊治研究。*通信作者。E-mail:471495228@qq.com基于生物信息学分析LncRNAAC005479.2在甲状腺乳头状癌中的表达及相关分析梁新科,王鹏飞*,霍胜男,李建英,侯庆田(河北省邯郸市邯钢医院甲状腺科,河北邯郸056000)[摘要]目的通过生物信息学分析探讨甲状腺乳头状癌(papillarythyroidcarcinoma,PTC)的关键基因及其潜在调控分子靶标,探索其在PTC中的分子调控机制。方法通过TCGA数据库检索并下载甲状腺乳头状癌的基因表达谱,使用Rstudio中的“Limma”软件包寻找甲状腺乳头状癌与癌旁组织之间的是否存在差异长链非编码RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)。使用WGCNA构建及临床相关性分析。通过GSEA进行富集分析和注释。结果经TCGA数据库筛选,共510例甲状腺乳头状癌的肿瘤组织与58例癌旁组织被纳入分析,共得到了58个差异表达lncRNA,其中包括36个高表达基因与22个低表达的基因。使用动态树切割法识别基因模块,设定模块内最低基因个数为100,最终得到11个相应的模块,结果显示,蓝色模块与甲状腺乳头状癌显著相关。蓝色模块内差异lncRNA共有34个,对Blue模块内34个差异lncRNA进行单因素和多因素Cox回归分析,得到AC005479.2。随后对AC005479.2绘制受试者工作特征曲线,曲线下面积为0.838。通过GO和KEGG分析,揭示AC005479.2的潜在通路与功能,结果显示AC005479.2可能通过脂肪细胞因子信号途径、MAPK信号通路、钙黏蛋白结合参与细胞黏附、对凋亡信号通路的正调控等功能参与甲状腺乳头状癌的病理过程。结论AC005479.2在甲状腺乳头状癌患者与健康人群的甲状腺组织的表达差异有统计学意义,AC005479.2基因有望成为甲状腺乳头状癌的生物标志基因,为后续的PTC的研究提供重要依据。[关键词]甲状腺癌,乳头状;生物信息学;AC005479.2doi:10.3969/j.issn.1007-3205.2023.02.008[中...

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